Habibie kembali ke Indonesia pada 1973 atas permintaan Soeharto, dan diberi mandat untuk mengembangkan industri di Indonesia.
Tugas pertamanya adalah menjadi CEO Industri Pesawat Terbang Nusantara (IPTN) yang kini telah berganti nama jadi PT Dirgantara Indonesia (DI), sebelum pada 1978, diangkat menjadi Menteri Negara Riset dan Teknologi.
Namun yang ingin dibuat oleh Habibie bukanlah sekadar pesawat, tetapi industri beserta ekosistem dirgantaranya.
Salah satu langkah terbesarnya adalah merancang dan memimpin pembuatan pesawat N250.
N-250 Gatotkaca pertama kali diterbangkan di Bandung pada 10 Agustus 1995 dan menandai lahirnya karya anak bangsa. Pasalnya, N-250 merupakan pesawat buatan pertama Indonesia.
Sebagai yang tercanggih di kelasnya pada masanya, N-250 punya sejumlah keunggulan. Ia merupakan satu-satunya pesawat turbotrop di dunia yang menggunakan "fly by wire" dengan jam terbang 900 jam. Pesawat ini juga mampu terbang tanpa mengalami oleng atau "Dutch Roll".
Lalu kecepatan terbang Gatotkaca bisa mencapai maksimal 610 kilometer per jam, sednagkan kecepatan ekonomisnya 555 kilometer per jam yang merupakan tercepat di kelas turbotrop 50 penumpang. Pesawat ini juga beroperasi pada ketinggian 7.620 meter dengan daya jelajah 1.480 kilometer.
Ketika ditemui oleh Kompas.com pada 2013, Habibie menyampaikan bahwa momentum N-250 seharusnya sangat tepat untuk titik tolak kejayaan industri dirgantara Indonesia, andai proyek pesawat itu berjalan sesuai rencana.
Sayangnya, momentum itu kandas ketika krisis moneter 1997-1998 menghantam Indonesia.
Soeharto menutup IPTN dan N-250 berakhir mangkrak. Setali tiga uang, kelanjutan perancangan dan pembuatan pesawat N-2130 juga pupus ketika pertanggungjawaban Habibie sebagai Presiden Indonesia ditolak MPR pada 20 Oktober 1999.
