Kajian Diversitas Komodo

Oleh M. Syamsul Arifin Zein

KOMPAS.com - Terbitnya Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 384/Menhut-II/2009 tanggal 13 Mei 2009 tentang pemberian izin menangkap 10 ekor komodo di pulau Flores telah menimbulkan reaksi dari para ahli dan masyarakat pemerhati satwa endemik ini, seperti yang dimuat Kompas tanggal 23 Juli 2009.

Sejak tahun 2004 antara Pusat Penelitian Biologi-LIPI dengan Universitas Florence (Italia) telah ditandatangani perjanjian kerjasama dalam melakukan kajian diversitas genetik komodo yang diharapkan hasilnya dapat digunakan sebagai dasar dalam mengambil keputusan dan tindakan konservasi baik secara in-situ atau ex-situ oleh pemegang kebijakan dengan dasar kajian ilmiah yang dapat dipertanggungjawabkan. Beberapa hasil kajian telah selesai dilakukan, namun ada yang sedang dalam proses analisis laboratorium.

Kajian molekuler genetika konservasi merupakan salah satu bagian aplikasi ilmu genetika yang bertujuan mempertahankan spesies sebagai entitas yang dinamis untuk mengatasi perubahan lingkungan. Saat ini, aplikasi teknologi DNA dalam bidang konservasi telah membuka fenomena baru dalam memberikan informasi dasar yang akurat dalam memberikan solusi.

Sejak berkembangnya teknologi Polymerase Chain Reaction (PCR), analisis DNA semakin cepat, praktis, dan mudah, kemudian telah menjadi lengkap dengan berbagai penciri DNA (DNA marker) yang siap diaplikasikan. Akurasi analisis genetik lebih akurat dengan menggunakan teknik sekuensing yang dapat langsung memberikan informasi diversitas urutan nukleotida dari suatu gen atau non gen.

Analisis genetik genom DNA mitokondria telah digunakan secara luas dalam mempelajari evolusi, struktur populasi, aliran gen, hibridisasi, biogeografi, dan filogeni (Morizt et al., 1987). Dalam usaha pengembangan populasi komodo, faktor manajemen diperlukan untuk mempertahankan keberadaan populasi melalui program pengkayaan genetik baik dalam penangkaran in-situ maupun ex-situ, dimana dasar informasi dapat diidentifikasi melalui rekonstruksi filogenetik dari suatu populasi (Moritz et al., 1996).

Variabilitas genetik yang tinggi dapat mengatasi tekanan akibat perubahan lingkungan (Avise, 1994; Hartl, 2000). Selain itu heterozigositas yang tinggi dari suatu populasi merupakan dasar yang baik untuk pengembangan populasi selanjutnya.

Penanda molekuler yang sesuai untuk merekonstruksi filogenetik populasi adalah variasi urutan DNA mitokondria. Kelebihan dari DNA mitokondria adalah kecepatan evolusi yang relatif tinggi, pewarisan secara maternal, dan ukurannya yang relatif kecil sehingga mudah diteliti (Li & Graur 1991; Taberlet, 1996). Genom DNA mitokondria berbentuk sirkuler, berisi 13 gen penyandi protein, 22 gen transfer RNA (tRNA), 2 gen ribosoma (rRNA), dan daerah kontrol (control region/D-Loop) dengan panjang sekitar 16.000-18.000 pasang basa.

Kajian keragaman genetik komodo telah dilakukan dengan menggunakan control region DNA mitokondria. Keragaman sekuen control region DNA mitokondria dapat memberikan gambaran yang jelas dan akurat untuk memprediksi perkembangan populasi komodo dihabitat alam maupun dalam penangkaran. Informasi diversitas genetik merupakan dasar penting dalam program pengkayaan genetik populasi komodo di suatu kawasan. Selain itu dapat membantu menentukan kebijakan pengembangan dan konservasi komodo.

Kajian diversitas genetik telah dilakukan dengan 154 sampel darah komodo yang dikoleksi dari pulau Flores Utara, Flores Barat, Gili Montang, Nusa Kode, Rinca, dan pulau Komodo. Hasil analisis menunjukkan bahwa populasi komodo hasil kajian sekuen control region DNA mitokondria terdapat 8 haplotipe. Haplotipe dapat diartikan secara sederhana sebagai model urutan sekuen DNA, kemudian kita beri nama haplotipe 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, dan 08, secara lengkap dapat dilihat pada Tabel 1 (lihat gambar 1).